W 1933 r., niedługo po dojściu nazistów do władzy, Leo Baeck wybrany został przełożonym niemieckich Żydów i prezydentem Reprezentacji Żydów w Niemczech (Reichsvertretung der Juden in Deutschland) – marionetkowej instytucji podporządkowanej nowym władzom. Baeck w miarę możliwości starał się chronić swych podopiecznych i niwelować zakres i skalę antysemickiego ustawodawstwa, co wymagało prowadzenia trudnych negocjacji z wieloma wysokimi przedstawicielami III Rzeszy (m.in. Adolfem Eichmannem). Pomimo wielu ofert wyjazdu z Niemiec ze strony organizacji żydowskich, pozostał na miejscu. Był dwukrotnie aresztowany przez gestapo.

28 stycznia 1943 r. trafił do Theresiensadt (Terezina) na terytorium Protektoratu Czech i Moraw (dawnej Czechosłowacji) – twierdzy i miasta warownego powstałego na przełomie XVIII i XIX r., które jesienią zostało przekształcone w swoistą hybrydę getta, obozu koncentracyjnego i przejściowego. W niemieckiej propagandzie przedstawiano je jako modelowe getto, w którym Żydzi sprawowali władzę i żyli w godnych warunkach, w towarzystwie całych rodzin (wśród więźniów przeważały osoby w starszym wieku). 23 sierpnia 1944 r. przedstawiciele szwajcarskiego i duńskiego Czerwonego Krzyża dokonali inspekcji obozu, specjalnie przearanżowanego i wyludnionego na tę okazję (wizytę poprzedziły masowe deportacje do Auschwitz-Birkenau), w której przychyliły się do twierdzeń Niemców. W rzeczywistości padli oni ofiarą mistyfikacji. Rzeczywisty charakter tego miejsca oddał Baeck w swoich wspomnieniach:

Jakie było pierwsze odczucie po wpędzeniu do środka przez bramę twierdzy między bastionami i wałami, a potem fatalna brama została zamknięta, być może na zawsze? Odczucie zamknięcia. Wewnątrz człowiek czuł się jeszcze bardziej odcięty – część tego fortecznego miasta, ta lepsza i zdrowsza część, została wydzielona jako strefa SS. W przestrzenie, która wcześniej mogła pomieścić do trzech tysięcy osób, rozmieszczonych na modłę wojskową, ściśnięto razem w koszarach i pozostałych budynkach, jeden obok drugiego, bliskie 45 tysięcy osób. Kiedy spadł śnieg lub deszcz tworzyło się głębokie, ciężkie błoto, które zdawało się rozszerzać z dnia na dzień. A zewsząd i wszędzie przybywało robactwo, potężne zastępy pełzających, skaczących i latających naprzeciw chodzących, siedzących i leżących, głodni przeciwko głodującym – uporczywa walka obu stron trwała dniami i nocami. Miesiąc po miesiącu, rok po roku tak wyglądał świat. Masa wchłonęła jednostkę. Jednostka była uwięziona w tłumie, otoczona murami, kurzem i błotem, rojem owadów… i głodem, który zdawał się nie mieć końca – skoncentrowana w obozie, w którym nigdy nie można było być samemu ze sobą.

(za: M. A. Meyer, Rabbi Leo Baeck: Living a Religious Imperative in Troubled Times, Philadelphia 2020, s. 167)

Baeck pełnił tam funkcję honorowego przewodniczącego Rady Starszych (Judenratu). Znalazł się w gronie 114 „Prominente”  wpływowych/zasłużonych osób, którzy z racji swej pozycji znalazły się w lepszej sytuacji niż większość więźniów getta-obozu. Nie przebywał w baraku, lecz w dwóch relatywnie obszernych pokojach (w jednym z nich zamieszkał jego opiekun domowy, z łóżkiem, stołem i parą krzeseł, zimą miał do dyspozycji prowizorycznie przygotowane ogrzewanie. Otrzymywał lepsze i częstsze racje żywnościowe, dysponował swobodniejszym dostępem do korespondencji. Co szczególnie istotne, był on chroniony przed transportami na wschód (oznaczającymi śmierć w obozach zagłady), mógł też chronić członków swej rodziny. Uratował w ten sposób przed deportacją urodzoną w 1925 r. wnuczkę Ruth, lecz również i on doświadczył utraty bliskich. W transporcie z znaleźli się jego siostrzenica i siostrzeniec, trzy z czterech jego sióstr zmarły w Theresienstadt zanim tam się znalazł, czwarta zaś niedługo po jego przyjeździe. W obozach zagłady zginęło dwóch jego braci.

Uprzywilejowany status nie odseparował go od szeregowych współwięźniów. Beack pełnił w obozie posługę rabinacką, miejscem odprawiania nabożeństw stały się piwnice i poddasza. Jednym z przykrych obowiązków było odprawianie kadisz za zmarłych. Wysoka śmiertelność w obozie powodowała, że musiał powtarzać to wielokrotnie w trakcie jednego dnia:

Kostnica była głębokim, ciemnym przejściem w obrębie murów fortecy, przypominającym masowy grób. Były dni, kiedy umierało ponad sto osób. Odrapane trumny ze zmarłymi stały w bardzo długim rzędzie, zawsze po dwie lub trzy, jedna nad drugą. Odczytywano imiona i odmawiano starożytną modlitwę za zmarłych sprzed kilku tysiącleci. Następnie podnoszono i wynoszono trumny przy dźwiękach psalmu, jaki od pokoleń towarzyszył zmarłym w ich ostatniej wędrówce: „Kto przebywa pod osłoną Najwyższego i w cieniu Wszechmocnego spoczywa” aż do zakończenia: „Nasycę go długim życiem i ukażę mu moje zbawienie”. Rytuał ten stanowił dla nas cząstka wolności w niewoli. Na zewnątrz czekały wielkie, ciężkie wozy, na które załadowywano trumny. Pozwalano podążać za nimi pięćdziesiąt kroków, do granicy obozu. Od tego miejsca zmarli podążali dalej, na miejsce kremacji.

(Ibidem, s. 172)

Theresiestadt (Terezin), zdjęcie współczesne; Cherubino / Wikimedia Commons

Aktywnością, w którą się zaangażował, było wygłaszanie wykładów. Od lata 1942 r. (na sześć miesięcy przed jego przybyciem) aż do wyzwolenia Theresienstadt w maju 1945 r. odbyło się ich łącznie 2430 z udziałem ponad pięciuset wykładowców. Choć bywały one krytykowane przez niektórych jako przejaw kolaboracji (Niemcy zezwalali na działalność kulturalną, odbywały się koncerty, rewie, spektakle i podobne wydarzenia, działała prasa; istniał też nurt podziemny, nieoficjalny) czy ze względu na ich nieadekwatność do sytuacji, w jakiej znaleźli się Żydzi – to cieszyły się one niegasnącą popularnością, dla wielu odbiorców stawały się namiastką wolności. Jak pisze biograf Baecka, Michael A. Meyer:

Podczas swojego pobytu w Theresienstadt Beack wygłosił 38 wykładów na różne tematy. Poruszał wątki historyczne, filozoficzne, niekiedy miały one charakter ogólny, kiedy indziej specyficznie żydowski, zdarzało mu się poruszać co najmniej kilka zagadnień. Odczyty z dziedziny historycznej obejmowały następujące tematy: „Religie ludów prymitywnych”, „Idea mesjańska”, „Żydowscy mistycy czasów średniowiecza”, „Epoka machabejska”, „Talmud”, „Życie w średniowiecznym mieście żydowskim”, „Przejście od średniowiecza do czasów nowożytnych”, „Oświecenie”, „Narody wielkie i małe”. Jego portrety wybitnych jednostek dotyczyły wyłącznie ludzi uduchowionych, zarówno Żydów, jak i gojów, takich jak Platon, Majmonides, Galileusz, Spinoza, Mojżesz Mendelssohn, Kant i Hermann Cohen. Jeden jego wygład musiał mieć szczególne znaczenie w Theresienstad, gdzie Żydzi wcześniej wykonujący zawody umysłowe, zostali zmuszeni do wykonywania ciężkiej pracy fizycznej. Zatytułowany został „Robotnik w nauczaniu żydowskim”

(Ibidem, s. 180).

Popularność, jaką zyskały jego wykłady, spowodowała, iż organizator spotkań, Philip Manes (zginął w Theresienstadt, zachował się dziennik jego autorstwa) zaprosił go do wygłoszenia jubileuszowego pięćsetnego wykładu, co było wyjątkowym zaszczytem. Manes nie krył swego uznania dla oratorskich zdolności Baecka:

Kiedy po raz pierwszy usłyszałem, jak przemawia dr Leo Baeck, byłem zdumiony jego przemianą od czasów berlińskich. Zmienił się całkowicie. Stał się zrozumiały, płynny i przyjemny w słuchaniu. Zachowywał się cicho i spokojnie, przemawiał przekonywująco, bez patosu, zapadał w pamięć. Tak wyobrażaliśmy sobie filozofa, który u schyłku życia zbiera żniwo wielu dziesięcioleci i hojnie przekazuje nam swą mądrość. Pędziliśmy na jego wykłady, które wygłaszał bez najmniejszej oznaki zmęczenia. Wywarł na nas tak olbrzymie wrażenie, że poprosiliśmy go, by powtórzył swój wykład o Spinozie.

(Ibidem, s. 177-178).

Również wspomniany wcześniej wykład, który odbył się 6 sierpnia 1944 r., zakończył się bezdyskusyjnym sukcesem:

Dr Baeck przemawiał na stojąco z urzekającym ciepłem i hojnością. Byliśmy pod urokiem jego słów; życie rozkwitło przed nami; życie, które udzieliło nam się wszystkim. Podzielił się z nami swoim mottem: „Człowiek nie starzeje się dopóki dopóty nie zapomina swojego dzieciństwa”. Umiejętność, z jaką dr Baeck rozwinął ten temat i ujął go w ramy, była rzadko spotykana. Publiczność z zapartym tchem przysłuchiwała się 71-letniemu mówcy, którego młodzieńcza żywiołowość niejako potwierdzała i odzwierciedlała temat, którego się podjął.

(Ibidem, s. 178).

Jedynym obozowym wykładem Baecka, który zachował się w całości, a w 1962 r. został przetłumaczony na język angielski, jest wystąpienie z 15 czerwca 1944 r. pod tytułem „Geschichstsschreibung” (niem. „O pisaniu historii”).

karta mleczna (Milchkarte) dla Mosesa Grinbauma, lat 48, 1/2 litra na 8 dni; Żydowski Instytut Historyczny (AŻIH 268/1, Rada Żydowska w Theresienstadt (Jüdische Selbstverwaltung))

Podobnie jak większość żydowskich przywódców starszej generacji Baeck sprzeciwiał się otwartemu oporowi wobec Niemców. Postawa ta wywołała krytykę m.in. ze strony Hannah Arendt, która w Eichmannie w Jerozolimie (1963) oskarżyła go nadmierne spoufalanie się z prześladowcami i celowe zatajanie tragicznej prawdy o Zagładzie. Sam Baeck już po wyzwoleniu niechętnie powracał do tych kwestii. W jednej z wypowiedzi, w której odniósł się do osobistych odczuć z czasów okupacyjnych, wyraził się następująco:

Nie wiedziałem, czy [transporty szły] do Oświęcimia. Ale że zamiarem gestapo było najprawdopodobniej natychmiastowe wymordowanie każdego, kto nie nadawał się do ciężkiej pracy, zaś ci, którzy byli zdolni do pracy na rzecz niemieckiej machiny wojennej koniec końców ginęli z głodu i niedostatku. Dręczyły mnie wówczas wyrzuty sumienia – czy nie skrócić cierpień osób przeznaczonych do transportów poprzez samozwańczą masakrę [wzniecenie zbrojnego oporu, na wzór powstania w getcie warszawskim, białostockim, częstochowskim czy będzińskim – Sz. P.] czy umożliwić niektórym, choćby bardzo nielicznym, szanse na przeżycie? W końcu powiedziałem sobie: nawet jeśli przeżyje tylko jedna osoba, to nie można jej poświęcić.

(Ibidem, s. 185-186)

Rabin Leo Baeck w trakcie pisania,

Po zakończeniu wojny osiadł w Londynie, gdzie przewodniczył miejscowej progresywnej North Western Reform Synagogue, wykładał także w Hebrajskiej Unii Uczelni w Ameryce. Objął stanowisko prezesa Światowej Unii dla Judaizmu Postępowego (utworzonej w 1926 r.). W przemówieniu na pierwszym powojennym zjeździe w Londynie w 1946 r. przedstawił swoje credo, ukształtowane pod wpływem doświadczeń z lat 1933–1945:

Nie wolno nam jako Żydom odsuwać się od bieżących problemów ani ukrywać się jako Żydzi… Jesteśmy Żydami także przez wzgląd na ludzkość; powinniśmy zaznaczyć swoją obecność, zwłaszcza w tym świecie po wojnie; mamy pytania do stawienia i musimy udzielić na nie swą odpowiedź. Pobudzanie sumienia ludzkości może być naszą najlepszą legitymizacją. Będziemy musieli więc z pewnością często mówić „nie” wielu rzeczom, które dzieją się na ziemi i rządzą nią; mówić „nie” w imieniu naszego wielkiego „tak”, naszego żądania. Często będziemy musieli oskarżać w imię sprawiedliwości i miłości, w imię obietnicy; mówić „nie” i oskarżać, gdyż jesteśmy tymi, którymi jesteśmy i powinniśmy być: najbardziej lojalną opozycją Pana na Ziemi, niezłomną i upartą w imię Boga.

(Ibidem, s. 194)

Został pierwszym przewodniczącym utworzonego w 1955 r., na rok przed jego śmiercią, międzynarodowej instytucji zajmującej się badaniem i przechowywaniem dziedzictwa niemieckojęzycznych Żydów w Europie, nazwanej (od jego imienia i nazwiska) Leo Baeck Institute. Prężnie działa do dnia dzisiejszego, ma swoje siedziby w Londynie, Nowym Jorku i Jerozolimie.